In der gesamten Fate-Reihe haben Paare von MASTERS und heldenhaften Geistern - auch SERVANTS genannt - im Laufe der Geschichte in einer Reihe von "Holy Grail Wars" gekämpft. Das siegreiche Duo erhält ein uraltes Artefakt, das Wünsche erfüllt. Fate/Samurai Remnant setzt den epischen Gralskrieg der Serie im vierten Jahr der Keian-Ära im Japan der Edo-Zeit fort. Mehrere Jahrzehnte sind seit dem Ende einer turbulenten, blutigen Ära vergangen, und während sich die Menschen endlich des Friedens und der Ruhe erfreuen, steht ein Kampf zwischen sieben Paaren von MASTERS und ihren SERVANTS bevor, während sich das "Waxing Moon Ritual" in den Schatten entfaltet. Hier findet sich der Held des Spiels, Miyamoto Iori, ein junger Mann in Asakusa, zusammen mit seinem Diener Saber im Kampf um das letzte verbliebene Paar wieder, das den Wunscherfüller, das "Waxing Moon Vessel", erhalten kann.
In Fate/Samurai Remnant übernimmt der Spieler die Kontrolle über den MASTER Miyamoto Iori, der den Niten Ichiryu-Schwertkampfstil studiert hat. Er kämpft an der Seite von Saber, einem SERVANT mit einer Stärke, welche die der Menschen übertrifft. Wenn man auf Feinde trifft, die sich der menschlichen Kontrolle entziehen, können die Spieler ihrem SERVANT befehlen, mit mächtigen magischen Techniken anzugreifen oder sogar die direkte Kontrolle über den SERVANT übernehmen, um anzugreifen. Dynamische Kampfszenen zwischen SERVANTS bringen die Action auf ein neues Level und sind ein Muss für Fans der Serie!
Während des Spiels hat man die Möglichkeit, die Stadt Edo zu erkunden, in der Reihenhäuser, Samurai-Residenzen und Bordelle nebeneinander stehen. Hier tummeln sich viele Menschen auf den Straßen, und die Charaktere, die mit einem ausgeprägten japanischen Touch versehen sind, werden zum Leben erweckt. Während man der Story folgt, können die Spieler mit verschiedenen Charakteren und Tieren in der Stadt interagieren, eine Vielzahl von Gebieten erkunden und sich einer Vielzahl von Herausforderungen stellen, während sie im neuesten Krieg um den Heiligen Gral ums Überleben kämpfen!